清代《康熙兴化县志》对兴化水系有如下分析：

来水：

西北水，从宝应来者，由跃龙闸至子婴沟双闸，下广洋湖入县。

西水，从高邮来者，由界首闸至关闸，下海陵溪，由吊桥闸至三沟闸，下渌洋湖入官河，赴海陵溪会流至县。

西南水，从邵伯来者，由三闸至小坝闸，下艾陵湖经河口镇，分入海陵溪、运盐河至县。

东南水，从泰州来者，由蚌沿河经陵亭镇，入运盐河至县。

东水，从诸场来者，由梓新、车路、白涂、海沟诸河，入运盐河至县。

去水：

从宝应来者，由广洋湖，直北入射阳湖。

从高邮来者，由海陵溪转北，入平望湖，达盐城界。

从邵伯来者，由海陵溪、运盐河，分流入平望湖，达盐城界。

从泰州来者，由运盐河，直北入平望湖，达盐城界。

从诸场来者，由运盐河，直北入平望湖，达盐城界。其一支由白驹场西下北芙蓉、通杨胜河，直透大纵湖，入盐城界，不经县治。

以上诸水皆经盐城，赴庙湾、石垯、天妃诸海口。

清康熙朝治水名臣张鹏翮在《扬州水利论》一文中说：

兴化县，环县皆水也。或为溪，或为河，或为湖荡。萦绕于数百里，而城郭居其中，洵哉泽国矣。且水之来也，西北从宝应之广洋湖，西从高邮之海陵溪，西南从邵伯之艾陵湖，南从泰州之蚌沿河，东从各盐场之梓新、车路诸河。将欲东注于海，必先取道于兴，而水之去也，仅达于盐城一路，渐次而入于海。

明代后期及清代前期，里下河高邮、宝应、泰州等地的洪水，基本上都要从兴化境内经过，汇入平望湖、大纵湖，然后流经盐城县境，由石垯等海口入海。

历史上的大纵湖，只是古射阳湖的东缘部分。考古勘探发现，在大纵湖底有古井、古墙砖、古地砖，以及锅灶、陶坛、瓦罐等，表明在大纵湖区域，曾经有一座古代城镇。由于在所有打捞出水的古钱币中，没有一枚晚于宋代，因此可以得出结论，这座城镇是在宋代时沉入水底，大纵湖的形成时间也是在两宋时期。通常认为，大纵湖有800多年的历史。

自明代起，大纵湖湖心就已成为兴化、盐城两县的分界线，兴化县志称之为“大纵湖分心”。由于射阳湖在明代时开始迅速淤垫，大纵湖一带自然地理变化较大，湖边一些村镇沉没水底，而一些水荡则淤积成陆，因此到明代后期，关于湖心分界一事，兴化、盐城两县之间争议不断，矛盾十分尖锐。明代《万历兴化县新志》的一段记载，措辞就很严厉：

湖心分界，其形阔，其势直，其流远，本不可逾越者也。自兴化凋残，人户稀少，而盐民乃越境侵壤，靡顾天理。大河通射阳湖者，不以为界，而以小沟田埂为界矣。

兴化、盐城两县的矛盾，除土地纠纷之外，另有水利之争纠缠其中。明代中期之后，黄河全流入淮，大量黄淮泥沙侵入射阳湖，湖身快速淤垫，大纵湖蓄水功能也随之大为削弱。此后湖水经常四处漫溢，以致兴化地区水患频仍，急需引洪入海。然而受地势所限，盐城县是兴化水系的下游，平望湖水、大纵湖水等都必须流经盐城县境，由石垯等海口入海，因此石垯海口的通畅与否，就成为兴化排涝减灾的关键。

石垯口，原名波湫，位于盐城县治东门外约1里，始建于南宋绍兴五年（1135），此后年久失修逐渐湮废。明万历初年，时任南京吏科给事中的祝世禄给前任内阁首辅李春芳写了一封信，极力主张重新开浚石垯海口。祝世禄紧紧抓住李春芳的乡土情结，信中说：兴化是阁老您的桑梓之地，民众对您十分爱戴，如今水患频仍，县境为池，生民为鱼，此情此景，您一定要有所作为。祝世禄在信中详尽分析了开浚石垯海口的种种有益之处，每一件都关乎国计民生：一是里运河以东的田庐盐场可以免除水患；二是可以保障运河漕运安全；三是明祖陵可以免去洪水淹没的危险；四是有利于兴化东部盐场一带的社会治安。

作为兴化本地人，状元宰相李春芳对家乡的水利建设一直非常重视，此前他不仅全程参与了潘季驯主持的高家堰修筑工程，还曾多次上书，推动修复扬州府十四塘以及兴化南北两塘。浓郁的桑梓情结，再加上祝世禄情理兼具的一番说辞，李春芳很快就被说动，对祝世禄的提议表示支持。明万历四年（1576），在李春芳的授意之下，漕运总督王宗沐、淮安知府邵元哲主持开浚了石垯海口，兴化地区洪水得以顺畅入海。

然而没过多久，事情就有了变化。石垯口开浚之后，海边潮水自海口涌入堤内，濒海一带遭遇潮灾，因此盐城县方面反应十分强烈，“盐父老子弟鼓喙而争言塞石垯口”。这一时期，围绕石垯海口的开闭形成意见截然相反的两派，一派以盐城知县杨瑞云和巡盐御史姜璧为首，主张尽快堵塞石垯口；另一派以兴化知县欧阳东凤和南京吏科给事中祝世禄为代表，主张石垯口必须开启。双方针锋相对互不相让。正反两方僵持不下时，河漕总督潘季驯的态度就十分关键。如果里下河排水过快，洪水迅速入海，也会带来负面影响，造成上游河湖蓄水量不足，运河水位下降，从而有碍漕运安全，因此杨瑞云和姜璧的主张就得到了潘季驯的暗中支持。明万历八年（1580），在盐城知县杨瑞云及巡盐御史姜璧的极力坚持下，重新堵塞了石垯海口。由这一起事件可以看出，石垯口的开浚和堵塞，并不仅仅是兴化、盐城两县的地方行为，还有“济运保漕”的国家意志牵扯其中。

明清时期，里下河各州县建有很多纪念潘季驯的“潘公祠”，不过兴化却没有，这一特殊的文化现象很耐人寻味。在兴化与盐城的海口开闭之争中，潘季驯似乎更偏向于盐城县一方，兴化官民自然有所抵制。

石垯口重新堵塞之后，引发了兴化方面的强烈抗议，在多次交涉无果的情形下，兴化知县欧阳东凤亲自出面，带领兴化民工来到石垯口，准备强行开浚海口。盐城知县杨瑞云闻讯之后，态度非常坚决，《万历盐城县志》记载：杨瑞云愤然言曰：“夫地形若釜，兴化则釜腹也。盐城高如釜边，釜边即张其口，安能泄釜中水哉？为我谢兴化相公。”意思是说里下河外高内洼，兴化在釜底洼地，盐城在釜边高处，即使开启海口，兴化的积水也无法往高处流。这番话看似强词夺理，仓促间却难以反驳。并且杨瑞云还在神像前发下重誓：“瑞云在盐一日，则守海一日，瑞云去盐之后，则神为我守之。”于是这场争执的结果，也就以盐城县坚持堵塞海口而告一段落。此后在地方大员的调解下，兴、盐两县达成共识，另于盐城县治北门2里外开浚天妃口，作为兴化洪水的出海口，矛盾暂时化解。

“海口之争”告一段落之后，兴化方面为摆脱不利局面，开始在范公堤上修建石闸，用以作为兴化洪水的另外出口。分别于明万历十一年（1583）建成丁溪闸，于明万历十九年（1591）建成小海闸、草堰闸，此后又相继建成白驹闸、刘庄闸等。其中丁溪闸下接戴家古淤海口，小海闸下接王家港海口，草堰闸、白驹闸、刘庄闸下接斗龙港海口。

水闸修建之后，兴化水患并没有明显减轻，原因有三：

一是水闸与海口距离过远。丁溪闸离戴家古淤海口有68里，小海闸离王家港海口有85里，草堰闸离斗龙港海口有50里……各水闸与海口之间都靠灶河连接，河道冗长而且蜿蜒曲折，洪水难以顺畅入海。

二是海口经常淤塞。兴化海口最初并非用于泄洪，而是用来运盐、运草以及抵御潮灾。明代嘉靖朝倭寇作乱之后，为防御倭寇自海滨登陆，各海口都密密麻麻钉满木桩，上游芦苇、水草顺流而下，在入海时受到木桩的阻挡，堆积在海口附近，日积月累，兴化海口基本上都处于一种封闭状态。

三是泄洪能力不足。兴化水闸的宽度通常在1丈8尺左右，如此大小的孔径，即使同时开启所有闸门，也只能承担十分之三四的排水任务，剩下的十分之六七还必须经由盐城石垯、天妃等海口。

自明代中期刘大夏治河之后，兴化海岸线开始迅速东移，称作“海势东迁”。随着兴化东部滨海平原的迅速形成，范公堤“遮挡海潮、屏蔽盐灶”的功能也日渐减弱，从范公堤的整修次数可以看出这一变化。明代共计修堤14次，而到清代，仅康雍乾三朝各修复了1次。

到清代中期，按照乾隆皇帝“近江者入江，近海者归海”的治淮原则，每当上游水势过大，运西诸湖一片汪洋时，就会开启“归海五坝”，经运河东堤引出洪水，再利用里下河东部的海口泄洪入海。与之相对应，兴化境内的东西向河流也转变功能和流向，成为“减水河”，也就是通常所说的行洪通道，兴化东部海口成为里下河洪水的主要出口之一。而此时各海口已经远在范公堤以东近百里处，范公堤地势高爽，要让洪水顺畅通过，就必须在堤上兴建涵洞、石垯、石闸等水利设施。

清代中后期，在范公堤上共计新修和修复了18座石闸，合称“归海十八闸”。在这18闸中，有多达12座在兴化境内，分别为丁溪闸、小海正闸、小海越闸、草堰正闸、草堰越闸、白驹南闸、白驹中闸、白驹北闸、白驹一里墩闸、刘庄青龙闸、刘庄八灶闸、刘庄大团闸等。由此可见，所谓“归海”，实际上是归“兴化”，即县志所说“以兴为壑”。

对于明清时期兴化东部海口的作用，清代《咸丰重修兴化县志》有如下评论：

下河七州县皆处洪湖下游，兴化尤称釜底。或以为濒海之地，但使海口通畅，水至宜不为灾。然以数千里浩瀚无涯之水，挟建瓴直下之势，求疏泄于沮洳卑洼数百里之支渠小港。运堤一启，高下同尽。迨盈科渐进，以海为归，而民畴庐墓荡无一存。海口纵极通畅，但能使久淹之区涸复稍早耳，安能使水不为灾乎？故拯下河之水患，必于归江之路，恣其宣泄，兴、盐一带乃不为宿、虹、安东之续也。

历史上兴化水患的形成并不在于海口的封闭与否，而在于上游黄、淮、运水系。只有治理好洪泽湖、高宝湖，引导淮水顺畅入江，才能真正消除兴化水患。